El edificio del Palacio de la Antigua Escuela de Medicina fue construido en 1732 por el arquitecto Pedro de Arrieta. Para 1854 la Escuela de Medicina ocupó el lugar de la Santa Inquisición de la Nueva España, actualmente, es el Departamento de Historia y Filosofía de la Medicina, el Archivo Histórico de la Facultad, la Biblioteca Histórico-Médica Dr. Nicolás León y el Museo de la Medicina Mexicana.
El museo, estratégicamente distribuido, muestra la evolución de la medicina en México. La primera exhibición trata de la herbolaria en nuestro país. La herbolaria es la botánica aplicada a la medicina, es el estudio y el uso de las plantas como medicamento. Esta es una tradición milenaria y totalmente mexicana, uno de los desarrollos de la cultura indígena, incluso superior a la botánica europea. La herbolaria se encuentra vigente en nuestra época, muchas de las plantas que curaban los males antiguos se convirtieron en la base de la medicina moderna. Muestra de ello, el uso del té de manzanilla para el dolor de estómago o el té de buganvilia para la tos.
La sala de herbolaria se relaciona estrechamente con el jardín del museo, el cual resguarda especies como la hierba buena o la ruda. Si bien en un principio se muestra la idea primigenia de la medicina, es decir la herbolaria, posteriormente tendremos un giro de época reflejado en la botica que posee el museo. Asimismo, hallaremos salas en las cuales las especialidades de la medicina empezaban a desarrollarse, tales como la ginecología.
Sin duda, el avance de la medicina ha sido el eco de épocas culturales diversas. Mas, siempre en cada infusión, recordaremos las raíces de un México prehispánico preocupado por la salud humana.